Szuperszámítógéppel tárják fel a lencse szerkezetét a Debreceni Egyetemen

A lencse teljes genomszerkezetét feltárják a szuperszámítógéppel a Debreceni Egyetem Agrár Genomikai és Biotechnológiai Központ kutatói. Az új fajták előállítását célzó kutatás bekerült a Kormányzati Informatikai Fejlesztési Ügynökség és a HPC Kompetencia Központ tíz legérdekesebb projektje közé – tudatta a hirek.unideb.hu.

Hazánkban 26 intézmény több mint 70 tudomány területen, 400 projekt során alkalmazták eddig a szuperszámítógépeket. A több mint 100, jelenleg aktív szuperszámítógépes projektből a Debreceni Egyetem két kutatása került be a HPC Kompetencia Központ a HPC ECHO első éves kiadványába, köztük az Agrár Genomikai és Biotechnológiai Központ kutatóinak projektje, a DENOLEN projekt.

Dobránszki Judit, az Agrár Genomikai és Biotechnológiai Központ vezetője kifejtette, a szuperszámítógépet a XXI. század laboratóriumának is szokás nevezni, ami nélkülözhetetlen eszköze lett a modern biotechnológiai és genomikai tudományos tevékenységnek. A szakember kiemelte, hogy a lencse kitűnő étkezési értékű, főként magjáért termesztett kultúrnövényünk.

Napjainkban, az egészséges táplálkozás előtérbe kerülésével jelentősége felértékelődik.

Mivel étkezési értéke mellett kiváló takarmány is, így a teljes növény hasznosítható. Dobránszki Judit elmondta, a lencse beilleszthető a környezetkímélő, a fenntartható gazdálkodásba, és ezért is fontos növény genomjának megismerése.

Hidvégi Norbert, Agrár Genomikai és Biotechnológiai Központ tudományos kutatója hozzátette: az evolúció, valamint a kultúrnövényként történő nemesítés során a lencse számos ismétlődő (repetitív) szekvenciát halmozott fel a genomjában, ami megnehezítik a kutatók munkáját.

„A teljes genomszekvenálás során többféle módszert kombinálunk, hogy hatékonyabb és pontosabb képet kaphassunk a lencse tulajdonságait kódoló örökítőanyagról.”

A 14 darab fenofázisból származó mRNS-szekvenálással 118 197 darab gént tudtunk azonosítani – ismertette a kutatás eddigi eredményeit Hidvégi Norbert.

A lencse teljes genomszekvenálásának adatelemzéseit a DE Mezőgazdaság-, Élelmiszertudományi és Környezetgazdálkodási Kar AGBK kutatói a Kormányzati Informatikai Fejlesztési Ügynökség (KIFÜ) és a HPC Kompetencia Központ által üzemeltetett szegedi és miskolci szuperszámítógépeken (HPC) végzik.